Secara umum, ajaran utama golongan Khawarij adalah:

1. Kaum muslimin yang melakukan dosa besar adalah kafir (bertentangan dengan pendapat Imam Hasan al-Basri dan golongan Muktazilah).
2. Kaum muslimin yang terlibat dalam perang Jamal, yakni perang antara Aisyah, Thalhah, dan Zubair melawan Ali ibn Abi Thalib dan orang perantara (termasuk yang menerima dan membenarkannya) adalah kafir.
3. Khalifah harus dipilih rakyat serta tidak harus dari keturunan Nabi Muhammad SAW dan tidak mesti keturunan Quraisy. Jadi, seorang muslim dari golongan manapun boleh menjadi khalifah jika mampu memimpin dengan baik.

Amalan mengkafirkan orang Islam lain ini dipanggil takfir. Mengikut tafsiran konvensional, hukum bagi mereka yang menjadi kafir (murtad) adalah bunuh. Melalui tafsiran inilah golongan Khawarij menghalalkan darah Ali dan Muawiyah untuk dibunuh. Pada zaman moden ini, terdapat kumpulan ekstrimis Islam yang mengguna pakai hukum takfir untuk membunuh mereka yang tidak berdosa termasuk orang Islam.